Wolfgang Bayer wurde in Schweinfurt geboren und ist in Kerbfeld in Franken aufgewachsen. Dass beide Eltern Instrumente spielten, bot ihm schon in jungen Jahren einen Kontakt zur Musik.
Mit elf Jahren entschied sich Wolfgang Bayer für die Klarinette und hatte zunächst Unterricht bei Martin Hoffmann. An der Berufsfachschule für Musik war er ab dem Alter von 14 Jahren Jungschüler bei Otto Kronthaler. Sein Studium absolvierte er bei Prof. Wolfgang Mäder in Leipzig, es folgte ein Aufbaustudium in Stuttgart bei Prof. Norbert Kaiser.
Wolfgang Bayer machte ein Praktikum im Theater Freiburg Döbeln. Weitere Engagements hatte er beim Gürzenich Orchester Köln und beim SWR Sinfonieorchester Freiburg/Baden-Baden, mit dem er viele Konzertreisen durch Europa unternahm. Bei der Oper Stuttgart und den Philharmonikern Jena hatte er jeweils Jahresverträge.
Mitglied des Staatsorchesters Braunschweig ist er seit 2009.